量子化学计算(Gausssian)图形工作站硬件方案

由于分子的类型、体系和模拟算法,以及各种应用和精度要求,都有不同的计算特点,对计算机硬件(CPU、内存、硬盘、GPU)配置要求有很大的差异 ,那么如何选择好服务器/工作站的硬件配置,提高计算速度,缩短求解时间?

以Gaussian为例,先看多核并行计算测试

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    基于Gaussian 09版本 分别用4核、8核、16核、32核、64核进行求解,从计算结果看,多核并行加速比很理想

  • 02

    基于Gaussian 16版本多核并行计算测试 分别用8核、16核、32核、44核进行求解,从计算结果看,多核并行加速比到32核很理想,44核已经对求解没有多大提升了

  • 03

    量子化学算法、精度与计算成本

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    原子体系规模、算法及硬件配置特点

量子化学计算硬件配置特点

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    (1)不同算法的并行计算的核数加速比有所差异,不完全是线性的

  • 02

    (2)最新CPU架构和提升频率,对缩短求解时间非常显著

  • 03

    (3)精度高求解计算量大,对CPU频率和核数、内存容量、硬盘io要求均有很高要求

  • 04

    (4)核数与内存比例为 1:4最为理想

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    (5)支持Tesla K40或K80 的GPU计算,显存需12GB以上,但算法有局限性,同时性价比不好

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    (6)组成集群的计算节点配置最好采用4核~10核超高频,效率最高

基于量子化学计算,UltraLAB图形工作站分析

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    与市场常规机型配置相比,UltraLAB工作站提供的CPU频率和存储io更高,配置均衡合理,保证了机器硬件性能最大化,求解时间更短。

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